Яков Фрайкин родился 23 марта 1920 г. в семье мастерового и колхозницы в Минской области. В его родном местечке Смолевичи (Белоруссия) проживало много евреев, и поэтому Яков учился в еврейской школе. Успехи в школьной учебе и работа в комсомольской организации позволили ему поступить на учебу в военную академию. Он принял такое решение не только потому, что интересовался военной службой, но и потому, что армия предоставляла возможность стабильной профессиональной карьеры. В 1938 г., вскоре после приема в академию, он женился на своей невесте Доре.
После начала войны в 1941 г. Яков Фрайкин служил офицером в подразделении реактивных минометов („катюши“). Благодаря службе в Красной армии он избежал участи своей матери и других родственников, которые были уничтожены немцами в Белоруссии.
Яков Фрайкин принял участие в крупных сражениях Второй мировой войны – под Калининым (сегодня Тверь), Ржевом и Смоленском. Его часть два раза попадала в немецкое окружение, и поэтому он приказывал уничтожить установки реактивных минометов, чтобы они не попали в руки противника. В 1944 г. Яков Фрайкин участвовал в освобождении Центральной и Юго-Восточной Европы от немецких оккупантов; он прошел через Румынию и Венгрию до Австрии и Чехословакии. За участие в боях в составе Красной армии был награжден многими орденами и медалями.
После окончания Второй мировой войны Яков Фрайкин продолжил службу в армии. Он служил помимо прочего в Азербайджане и Грузии и стал полковником (1956 г.), начальником отдела штаба и заместителем заведующего военной кафедры в Грузинском политехническом институте. В период антисемитской кампании в СССР столкнулся с препятствиями в дальнейшем продвижении по службе. В 1976 г. завершил активную службу в армии и вышел в запас. В последующее время Яков Фрайкин перешел на работу на одну из кафедр института и преподавал в Тбилиси и Москве. Его супруга, врач по профессии, работала стоматологом.
В семье Фрайкиных, потерявшей своего первого ребенка в 1942 г. из-за нехватки медицинской помощи в эвакуации, в 1950-х годах родилась дочь. Еще раньше, в 1946 г., родился сын Григорий, которого назвали в честь двух погибших родственников. Сын Якова Фрайкина сделал научную карьеру, стал известным ученым и работает в Московском Государственном университете, а дочь Якова Фрайкина вместе со своим мужем решила по профессиональным причинам эмигрировать в Германию. Эмиграция дочери и внуков побудили семейную чету Фрайкиных также отправиться в 1995 г. на запад.
Яков Фрайкин был членом Дюссельдорфской еврейской общины. Он не был религиозным человеком, но охотно принимал участие в жизни общины и в ее праздничных мероприятиях. Особенно важной датой он считал 9 Мая, когда каждый год отмечается День Победы над нацистской Германией. Своими воспоминаниями о войне и своих заслугах он делился не только с семьей и другими ветеранами; он запечатлел их и для проекта по созданию книги в Дюссельдорфской общине.
Яков Фрайкин скончался в Дюссельдорфе в июле 2011 г.